En un fututro hipotético, aun así cercano, alrededor del 2029; los hombres han sido capaces de incorporar implantes cibernéticos en su cuerpo aumentando las capacidades naturales del ser humano. En un mundo donde la cibernetización es de los más habitual y los robots son imitaciones extremadamente idénticas a los hombres, todos están conectados a través de sus ghost – alma en español -, a una suerte de internet o espacio cibernético donde se encuentran todos los datos creados por la sociedad. La mayor Motoko Kusanagi y la Sección 9 tienen que evitar los continuos atentados de criminales cibernéticos y terroristas tecnológicos.

De repente, la Mayor Motoko se ve sumida en la investigación del ghost de un hacker que se hace llamar Puppeteer. Cuanto más se sumerja en la investigación, más se preguntará sobre su identidad; llegando a sus propias conclusiones.